马刺队经理（1994-1996）
1994年，马刺队新老板皮特·霍尔特邀请波波维奇重返马刺，担任球队总经理。波波维奇带了一支自己组建的助教团队回到圣安东尼奥，这波人的核心包括R.C.布福德、汉克·伊根以及迈克·布登霍尔泽，他们就此构成了“马刺系”的最初班底。波波维奇积极运作希望聘请老尼尔森来马刺执教，但勇士队老板拒绝放人，波波维奇只得选择鲍勃·希尔成为他任下的第一任主帅。 [8]
1994-95赛季，马刺队打出了62胜20负的战绩，排名NBA第一，并创造了球队历史上的最佳战绩。1995-96赛季，马刺队以59胜23负的成绩连续第二年拿下了中西部分区第一。
国家队经历
2004年，格雷格·波波维奇以拉里·布朗助教的身份参加了雅典奥运会。最终“梦六队”遭遇滑铁卢，在半决赛中不敌马努·吉诺比利领衔的阿根廷队，只拿到一枚铜牌。
2015年10月24日，美国篮协正式宣布马刺队主帅格雷格·波波维奇成为美国男篮下一任主帅，执教时间从2017年至2020年，他将带领美国队征战2019年男篮世界杯和2020年奥运会。
执教特点
战术分析
从做助理教练开始，波波维奇就愿意借鉴欧洲教练的执教理念。1988年开始，波波维奇就经常往返欧洲，学习欧洲教练关于移动进攻和联防的战术。 他视希腊教练扎里米·奥布拉多维奇为偶像，波波维奇说：“他的比赛可用‘漂亮’形容，球动人动，许多篮球的基本战术都被注入了新的观点，比如直传球、制造空位投篮机会、无球掩护、第一时间转移球等，它们都焕然一新了。这些东西带给人们篮球的真正意义，这要比一个人运球杀过全场然后一对一要有意义得多。”
二十年来，马刺的框架不断改变。由于师从拉里·布朗，再加上是空军学院出身，波波维奇早期的执教风格更侧重于防守，内线蒂姆·邓肯外线布鲁斯·鲍文的配置也让马刺成为联盟最顶级的防守球队，但在失去了鲍文这样的防守专家后，球队又立刻转型为超强火力的进攻球队，培养出了一大批擅长空切、投射的角色球员。
管理分析
多年来，波波维奇一直在施法让这支球队保持在最高的水准，老帅用他的军队化管理让马刺成为了联盟当中最具声望的西点军校，没有更衣室混乱，有的只有铁打的营盘和强悍的战术执行力。 [56]
波波维奇对球员实行严格管理，相对于NBA联盟中有些球队内部矛盾重重，一些球员个性太强存在难以管理的状况，波波维奇则掌握了更衣室的话语权。无论是多大的“刺头”，来到马刺也都会变得遵守纪律，这是波波维奇的管理哲学；另一方面，他也会为队员们设身处地着想，对全国直播的比赛，他也敢于轮休老将，与大卫·斯特恩对着干。如果马刺在季后赛系列赛之间的休息时间太短，波波维奇会毫不犹豫地取消联盟规定的媒体访问，自愿交上罚款来让他的队员们不用在休息日赶来球馆，而占用宝贵的休息时间。
1997年马刺抽到状元签并选中了蒂姆·邓肯，之后马刺年年杀入季后赛。而由于连年的优异战绩，根据NBA选秀规则，马刺再也无法选中高顺位新秀，慧眼识珠的波波维奇开始了低顺位淘宝之路。在整个NBA联盟都对欧洲后卫尚未认可的时候，波波维奇坚定地以2001年第一轮28顺位选下当年18岁的托尼·帕克，并在他为马刺出战的首个星期就让其先发出战；同时给1999年第二轮28顺位选中的马努·吉诺比利在场上极大的自主权，并成功说服他主打替补，发挥了“妖刀”最大的功力；最关键的是，波波维奇选中邓肯后，和这位伟大前锋建立起了情同父子的亲密关系。除了马刺“三宝”，他们的板凳深度也成为制胜法宝。联盟中开始走下坡路或者无用武之地的很多球员，遇到马刺后经常可以重新焕发能量，也显示出波波维奇在用人方面的才能。